Diagnóstico micológico de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica: metodología clásica y molecular

Introducción. La paracoccidioidomicosis es una micosis sistémica y endémica en Latinoamérica. El cambio climático y el movimiento migratorio del huésped enfatizan la necesidad de optimizar el diagnóstico de esta infección. Objetivo. Evaluar la implementación de la detección de ADN de Paracoccidioides spp. al diagnóstico micológico de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis. Materiales y métodos. Estudio retrospectivo con datos de laboratorio de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica. Resultados. Se analizaron los resultados de las muestras de 19 pacientes con sospecha clínica de paracoccidioidomicosis. El 90 % de los pacientes había nacido o visitado un área endémica de esta micosis en Latinoamérica. En 14 pacientes varones adultos se confirmó paracoccidioidomicosis por diagnóstico convencional. El examen directo fue positivo en 12 pacientes con enfermedad comprobada y en 4 de ellos se obtuvo crecimiento del hongo. Se detectaron anticuerpos contra Paracoccidioides spp. en ocho pacientes con la enfermedad. Se realizó PCR anidada con muestras de 14 pacientes para detectar ADN de Paracoccidioides spp. En 9 de los 10 pacientes con diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis se obtuvo una prueba de PCR positiva. Conclusiones. La implementación de técnicas moleculares para detectar ADN de Paracoccidioides spp. complementa el diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis y permite instaurar el tratamiento antifúngico, sobre todo en los casos clínicos donde no se observa la presencia del hongo en las muestras clínicas. La migración actual de poblaciones humanas dificulta el diagnóstico de paracoccidioidiomicosis y otras infecciones endémicas, por lo que se requiere optimizar el diagnostico micológico en los laboratorios clínicos para tratar pacientes con este tipo micosis desatendida.

Introduction. Paracoccidioidomycosis is a systemic mycosis endemic in Latin America. Climate change and host migration emphasize the need to optimize this infection diagnosis. Objective. To evaluate the implementation of Paracoccidioides spp. DNA detection in the mycological diagnosis of patients with suspected paracoccidioidomycosis. Materials and methods. It is a retrospective study with laboratory data from patients with clinical suspicion of paracoccidioidomycosis, who consulted a university hospital from a non-endemic area. Results. We analyzed the laboratory results of samples from 19 patients with suspected paracoccidioidomycosis. Seventeen out of 19 patients were born in or had visited an endemic area in Latin America. Fourteen adult male patients were confirmed to have paracoccidioidomycosis by conventional diagnosis: the direct examination was positive in 12 samples while fungal growth was found only in 4. Anti-Paracoccidioides spp. antibodies were detected in 10 patients, 8 of them with proven paracoccidioidomycosis. Nested PCR for Paracoccidioides spp. detection was performed on clinical samples from 14 patients, and positive results were obtained for 9 out of 10 patients with the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. Conclusions. The incorporation of molecular techniques to detect Paracoccidioides spp. DNA complements the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. This tool allows the prescription of antifungal treatment in those cases where the fungus is not observed in the clinical samples. Current human migrations difficult the mycological diagnosis of paracoccidioidomycosis and other fungal infections. For this reason, it is necessary to improve mycological diagnosis in clinical laboratories to adequately treat patients with this neglected mycosis.

Implementación asistencial de estudios genómicos aplicados al diagnóstico molecular / Implementation of genomic studies applied to molecular diagnostics

El Hospital Garrahan ha sido pionero en el diagnóstico molecular de patologías pediátricas en Argentina. Los avances tecnológicos de las últimas décadas en el área de la biología molecular, sentaron las bases para la optimización y ampliación del diagnóstico molecular a partir de la secuenciación masiva en paralelo de múltiples genes. El presente trabajo describe el proceso de implementación de los estudios de secuenciación de nueva generación y el desarrollo de la Unidad de Genómica en un hospital público pediátrico de alta complejidad, así como su impacto en las capacidades diagnósticas de enfermedades poco frecuentes de origen genético. La creación del Grupo Interdisciplinario de Estudios Genómicos constituyó la vía institucional para la toma de decisiones que implican la implementación de nuevos estudios genómicos y el establecimiento de prioridades diagnósticas, extendiendo la disponibilidad del diagnóstico molecular a más disciplinas. La Unidad de Genómica trabaja en diseñar las estrategias que permitan la mayor optimización de los recursos con los que cuenta el hospital, teniendo en cuenta el equipamiento disponible, las prioridades establecidas y la frecuencia de las distintas patologías. Se demuestra el salto significativo operado en nuestras capacidades diagnósticas, tanto en la variedad de enfermedades como en el número de genes analizados, habiendo estudiado a la fecha alrededor de 2.000 pacientes, muchos de los cuales ven de este modo finalizada su odisea diagnóstica. Los estudios de NGS se han convertido en una herramienta de la práctica diaria para la atención de un número importante de pacientes de nuestro hospital. Continuaremos trabajando para ampliar su aplicación a la mayor cantidad de patologías, a través de los mecanismos institucionales ya existentes (AU)

The Garrahan Hospital has been a pioneer in the molecular diagnosis of pediatric diseases in Argentina. The technological advances of the last decades in the area of molecular biology have laid the foundations for the optimization and expansion of molecular diagnostics through massive parallel sequencing of multiple genes. This study describes the process of implementation of next-generation sequencing studies and the development of the Genomics Unit in a public pediatric tertiary hospital, and its impact on the capacity to diagnose rare diseases of genetic origin. The creation of the Interdisciplinary Group of Genomic Studies constituted the institutional pathway for decision-making involving the implementation of new genomic studies and the establishment of diagnostic priorities, extending the availability of molecular diagnostics to additional disciplines. The Genomics Unit is working to design strategies that allow for optimization of the resources available to the hospital, taking into account the equipment available, the priorities established, and the frequency of the different diseases. It demonstrates the significant leap in our diagnostic capabilities, both in the variety of diseases and in the number of genes analyzed. To date, around 2,000 patients have been studies, many of whom have thus completed their diagnostic odyssey. NGS studies have become a tool in daily practice for the care of a significant number of patients in our hospital. We will continue working to expand its application to as many diseases as possible, through the existing institutional mechanisms (AU)

Ayudas diagnósticas y diagnóstico diferencial de la enfermedad de Pompe

Introducción: La enfermedad de Pompe (EP) o glucogenosis tipo II es una enfermedad autosómica recesiva causada por mutaciones en el gen GAA que codifica para la proteína alfa-1,4-glucosidasa. Su deficiencia lleva a un almacenamiento anormal de glucógeno en los lisosomas de varias células, a través de los diferentes tejidos, lo que causa un compromiso musculoesquelético predominante. Contenidos: Los fenotipos de la enfermedad dependen de las variantes genéticas y de los niveles de la actividad enzimática residual. La enfermedad se presenta como EP de inicio infantil, EP de inicio tardío y EP intermedio, por lo que es de suma importancia su diagnóstico temprano, por medio de estudios moleculares como la secuenciación de Sanger y la secuenciación de nueva generación. Conclusiones: Se ha demostrado, mediante diferentes estudios, que las variaciones genéticas pueden diferir entre etnias, y es importante su caracterización molecular para determinar el tratamiento más adecuado, de acuerdo con el estado del material inmunológico de reacción cruzada (CRIM).

Introduction: Pompe disease (PD) or Glycogenosis Type II is a rare autosomal recessive disease caused by mutations in the GAA gene that codes for the alpha-1,4-glucosidase protein. Its deficiency leads to abnormal glycogen storage in the lysosomes of various cells throughout the different tissues causing a predominant musculoskeletal compromise. Contents: The phenotypes of the disease depend on the genetic variants and the levels of residual enzyme activity, presenting as infantile-onset PD, late-onset PD, and intermediate PD; Therefore, early diagnosis of the disease through molecular studies such as Sanger sequencing and new generation sequencing is of utmost importance. Conclusions: It has been shown through different studies that genetic variations can vary between ethnic groups and the molecular characterization of the variants is important to determine the most appropriate treatment depending on the state of the cross-reactive immunological material (CRIM)

Teledentistry and COVID-19 molecular surveillance strategy for a safe clinical environment in Paediatric Dentistry / Teleodontología y estrategia de vigilancia molecular para COVID-19 proporcionando un entorno clínico seguro en Odontología Pediátrica / Teleodontologia e estratégia de vigilância molecular para a COVID-19 proporcionando um ambiente clínico seguro na Odontopediatria

The aim of this manuscript is to describe a hybrid care model to paediatricpatients on a virtual basis for dental treatment before conducting an in-person surveillance by using combined nasal/oral swabbing (NOS).This longitudinal study used a convenience sample of paediatric patients and members of the dental team from an undergraduate paediatric dentistry clinic at the University of São Paulo School of Dentistry during the COVID-19 pandemic. Firstly, parents werecontacted and teledentistry was used for screening children who need dental treatment. Appointments were scheduled once a week for two months, in which a pre-COVID-19 screening was performed. Dental team and children's parents completed a questionnaire addressing COVID-19-related symptoms. Members of the dental team and children were tested for COVID-19 before entering the dental clinic, by NOS and RT-PCR screening.Ninety-three individuals were enrolled and all of them completed the electronic questionnaire on symptoms and had NOS collected weekly, totalising 241 pairs of swabs. No participant reported COVID-19 symptomsbefore entering the clinic for treatment. Only one child tested positive in the third week of sampling. The hybrid care model associated with molecular testing for asymptomatics provided a safe clinical environment regarding the transmission of SARS-CoV-2 (AU).

El propósito de este manuscrito es describir un modelo híbrido de atención odontológica, a través de una plataforma virtual que precede a la realización de vigilancia molecular presencial mediante hisopado nasal/oral combinado, en pacientes pediátricos. Eneste estudio longitudinal se utilizó una muestra de conveniencia de pacientes pediátricos y miembros del equipo odontológico en la clínica de pregrado de la Facultad de Odontología de la Universidade de São Paulo durante la pandemia de COVID-19. En primerlugar, se contactó con los padres y se utilizó la consulta virtual para seleccionar a los niños que requerían tratamiento odontológico. Se programaron citas una vez a la semana durante dos meses, en las que se realizó el cribado previo a COVID-19. El equipo dental y los padres de los niños rellenaron un cuestionario en el que se abordaban los síntomas relacionados con la COVID-19. A continuación, los miembros del equipo dental y los niños fueron sometidos a pruebas de detección de COVID-19 antes de entrar en la clínica para atendimiento mediante cribado con hisopo nasal/oral y RT-PCR. Se inscribieron 93 personas, todas las cuales cumplimentaron el cuestionario electrónico sobre síntomas y se les recogieron muestras semanalmente, con un total de 241 pares dehisopos. Ningún participante declaró síntomas de COVID-19 antes de entrar en la clínica para recibir tratamiento. Sólo un niño dio positivo en la tercera semana de toma de muestras. El modelo de tratamiento híbrido unido a las pruebas moleculares para asintomáticos proporcionó un entorno clínico seguro con respecto a la transmisión del SARS-CoV-2 (AU).

O objetivo deste manuscrito é descrever um modelo de atendimento odontológico híbrido, por meio de uma plataforma virtual anterior a realização de uma vigilância molecular presencial usando esfregaço combinado nasal/oral, em pacientes pediátricos. Este estudo longitudinal utilizou uma amostra de conveniência de pacientes pediátricos e membros da equipe odontológica na clínica de graduação da Faculdade de Odontologia da Universidade de São Paulo durante a pandemia COVID-19. Primeiro, os pais foram contactados e a consulta virtual foi utilizada para o rastreio de crianças que necessitavam de tratamento odontológico. Foram agendadas consultas uma vez por semana durante dois meses, nas quais foi realizado um rastreio pré-COVID-19. A equipe odontológica e os pais das crianças preencheram um questionário que abordava os sintomas relacionados com a COVID-19. Em sequência, os membros da equipe odontológica e as crianças foram testados para o COVID-19 antes de entrarem na clínica para atendimento, através do rastreio com esfregaço nasal/oral e RT-PCR. Noventa e três indivíduos foram inscritos e todos eles preencheram o questionário eletrônico sobre os sintomas e tiveram amostras coletadas semanalmente, totalizando 241 pares de cotonetes. Nenhum participante comunicou sintomas de COVID-19 antes de entrar na clínica para tratamento. Apenas uma criança testou positivo na terceira semana de amostragem. O modelo de tratamento híbrido associado a testes moleculares para assintomática proporcionou um ambiente clínico seguro no que diz respeito à transmissão da SARS-CoV-2 (AU).

Expert consensus of the Spanish Society of Pathology and the Spanish Society of Medical Oncology on the determination of biomarkers in pancreatic and biliary tract cancer.

Pancreatic cancer and biliary tract cancer have a poor prognosis. In recent years, the development of new diagnostic techniques has enabled the identification of the main genetic alterations involved in the development of these tumours. Multiple studies have assessed the ability to predict response to treatment of certain biomarkers, such as BRCA in pancreatic cancer, IDH1 or FGFR2 in biliary tract cancer and microsatellite instability or NTRK fusions in an agnostic tumour fashion. In this consensus, a group of experts selected by the Spanish Society of Medical Oncology (SEOM) and the Spanish Society of Pathology (SEAP) reviewed the role played by these mutations in the process of carcinogenesis and their clinical implications. Based on their results, a series of recommendations are made to optimize the determination of these biomarkers and thus help standardize the diagnosis and treatment of these tumours.

Expert consensus of the Spanish Society of Pathology and the Spanish Society of Medical Oncology on the determination of biomarkers in pancreatic and biliary tract cancer / Consenso de Expertos de la Sociedad Española de Patología y la Sociedad Española de Oncología Médica sobre la determinación de biomarcadores en el cáncer de páncreas y vías biliares

Pancreatic cancer and biliary tract cancer have a poor prognosis. In recent years, the development of new diagnostic techniques has enabled the identification of the main genetic alterations involved in the development of these tumours. Multiple studies have assessed the ability to predict response to treatment of certain biomarkers, such as BRCA in pancreatic cancer, IDH1 or FGFR2 in biliary tract cancer and microsatellite instability or NTRK fusions in an agnostic tumour fashion. In this consensus, a group of experts selected by the Spanish Society of Medical Oncology (SEOM) and the Spanish Society of Pathology (SEAP) reviewed the role played by these mutations in the process of carcinogenesis and their clinical implications. Based on their results, a series of recommendations are made to optimize the determination of these biomarkers and thus help standardize the diagnosis and treatment of these tumours.

El cáncer de páncreas y el de vías biliares son tumores de mal pronóstico. En los últimos años, el desarrollo de nuevas técnicas diagnósticas de biología molecular ha permitido conocer las principales alteraciones génicas implicadas en el desarrollo de estos tumores. Múltiples estudios han evaluado el carácter predictivo de respuesta a tratamiento de determinados biomarcadores, como BRCA en cáncer de páncreas, IDH1 y FGFR2 en tumores de vía biliar; y la inestabilidad de microsatélites y las fusiones de NTRK, para predecir la respuesta al tratamiento. En este consenso, un grupo de expertos seleccionado por la Sociedad Española de Oncología Médica (SEOM) y la Sociedad Española de Anatomía Patológica (SEAP) ha revisado el papel que desempeñan estas mutaciones en el proceso de carcinogénesis y sus implicaciones clínicas. Como resultado, en este artículo se proponen una serie de recomendaciones para optimizar la determinación de estos biomarcadores, con el fin de fomentar la estandarización en el diagnóstico y el tratamiento de estos tumores.(AU)

Dogs naturally infected by Rangelia vitalii, Babesia canis vogeli, and Ehrlichia canis in São Paulo, Brazil / Cães naturalmente infectados por Rangelia vitalii, Babesia canis vogeli, e Ehrlichia canis em São Paulo, Brasil

Several agents can cause hemoparasitic diseases in dogs, and blood-sucking arthropods transmit these diseases. These agents can cause several clinical manifestations and, in some cases, can kill the host. Because these agents are essential in animal health, this study aims to detect the frequency of Ehrlichia canis, Rickettsia rickettsii, Anaplasma platys, and Rangelia vitalii by real-time PCR and Babesia vogeli in dogs in the southern region of the city of São Paulo, São Paulo. Of the 98 dog samples, 18 (18.4%) tested positive with real-time polymerase chain reaction for at least one studied agent. Of these 18 samples, 17 tested positive for a single agent (11.2% for B. canis vogeli, 1.02% for R. vitalii, and 5.1% for E. canis), and one showed co-infection with B. canis vogeli and R. vitalii. The results demonstrate the presence of hemoparasites in the studied animals, which can influence the quality and life expectancy of these animals. The Rangeliadetection warns small animal clinicians to include it as a differential diagnosis for hemoparasitosis.(AU)

As hemoparasitoses em cães podem ser causadas por diversos agentes, sendo essas doenças transmitidas por artrópodes hematófagos. Esses agentes podem causar diversas manifestações clínicas e, em alguns casos, podem matar o hospedeiro. Este estudo teve como objetivo detectar por PCR em tempo real a frequência de Ehrlichia canis, Rickettsia rickettsii, Anaplasma platys, Rangelia vitalii e Babesia canis vogeli em amostras de cães da zona sul da cidade de São Paulo, Brasil. Das 98 amostras de cães, 18 (18,4%) testaram positivo com reação em cadeia da polimerase em tempo real para pelo menos um agente estudado. Destas 18 amostras, 17 testaram positivo para um único agente (11,2% para B. canis vogeli, 1,02% para R. vitalii e 5,1% para E. canis), e uma apresentou coinfecção com B. canis vogeli e R. vitalii. Os resultados demonstram a presença de hemoparasitas nos animais estudados, o que pode influenciar a qualidade e a expectativa de vida desses animais. Além disso, é o primeiro relato da detecção de R. vitalli na zona sul de São Paulo e serve de alerta para os clínicos de pequenos animais incluírem esse agente como diagnóstico diferencial para as hemoparasitoses.(AU)

Muerte súbita y secuenciación de siguiente generación. Revisión bibliográfica / Sudden death and next generation sequencing. A review

Introducción: la muerte súbita se trata de un evento fatal e imprevisible. Realizada la autopsia y estudios complementarios, en ausencia de otros hallazgos que expliquen la causa de muerte, se clasifica como muerte súbita inexplicada. Siendo recomendable en estos casos realizar análisis genéticos, especialmente con metodologías de secuenciación de siguiente generación, las que permiten explicar un porcentaje importante de estos casos. Objetivo: analizar las publicaciones más relevantes sobre secuenciación de siguiente generación, aplicada a la autopsia molecular, para determinar aquellas muertes súbitas inexplicables relacionadas a cardiomiopatías y canalopatías. Metodología: se realizó la búsqueda en PubMed del Instituto Nacional de Salud usando palabras clave en inglés y español: NGS, muerte súbita, autopsia molecular y sus combinaciones. Además, se realizaron búsquedas en OMIN y ClinVar relacionada a las diferentes afecciones cardiacas relacionadas a muerte súbita. Los criterios de inclusión: artículos completos en español e inglés de libre acceso, con antigüedad máxima de diez años, realizados en cualquier área geográfica y que trataran sobre la temática. Resultados: para secuenciación de siguiente generación, muerte súbita se encontraron más de 22000 y 65000 publicaciones, respectivamente. En cambio, al combinar las palabras clave se recuperaron 74 trabajos, según los criterios de inclusión y objetivo del trabajo se revisaron 67 artículos. La aplicación de las plataformas de secuenciación en la investigación de casos de muerte súbita tomo auge en el 2014 y en poco tiempo, demostraron su versatilidad para el análisis de una gran cantidad de genes simultáneamente, de forma rápida y a bajo costo. Conclusiones: las patologías asociadas a muerte súbita son múltiples, complejas y pueden generar fenotipos variables que dificultan el análisis genético de las mismas. Las plataformas de secuenciación de siguiente generación son sumamente útiles en los casos de muerte súbita inexplicada, además permiten la identificación de variantes genéticas en familiares para la implementación de medidas preventivas...(AU)

Etiología de las infecciones de transmisión sexual (ITS) diagnosticadas por la técnica de PCR múltiple-hibridación en población colombiana de la ciudad de Medellín atendida en el Laboratorio Clínico VID / Etiology of sexually transmitted infections (STIs) diagnosed by multiplex PCR-hibridization assay technique in a Colombian population attending the VID Clinical Laboratory in Medellin

Introducción. Las infecciones de transmisión sexual (ITS) son y seguirán siendo un serio problema de salud pública en todo el mundo según los datos de la OMS, con el agravante que la mayoría de los casos son asintomáticos y, además, no existe otro reservorio distinto al humano. El diagnóstico se puede realizar con pruebas tradicionales y moleculares, estas últimas incluyen la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), de las cuales existen varios tipos, entre ellas, la PCR múltiple que tiene la capacidad de detectar ITS polimicrobianas a partir de una sola muestra. El objetivo de este estudio fue establecer cuáles fueron las infecciones de transmisión sexual más frecuentes en diferentes grupos de pacientes, así como determinar la utilidad del uso de la técnica de PCR múltiple en el diagnóstico de las ITS. Metodología. Se trata de un estudio observacional de corte transversal realizado entre los años 2021 y 2022 con pacientes que acudieron al servicio de diagnóstico del Laboratorio Clínico VID por sospecha de ITS. Las muestras recolectadas fueron evaluadas utilizando una prueba comercial basada en la técnica de PCR múltiple e hibridación. Las muestras procesadas fueron: orina e hisopados de endocérvix, uretra, recto, faringe y úlceras. Resultados. Se estudiaron 1.027 pacientes, de estos, 228 (22,2 %) fueron positivos para diferentes agentes de trasmisión sexual, distribuidos así: 50 (21,9 %) mujeres, 129 (56,6 %) hombres heterosexuales y 49 (21,5 %) hombres que tenían sexo con hombres (HSH). La edad promedio de las mujeres fue 30 años, y la de ambos grupos de hombres fue 36 años. Los microorganismos más frecuentemente identificados en mujeres fueron: C. trachomatis (A-K) en 28,6 %, seguido de virus herpes simplex tipo 2 (VHS-2) en 26,8 % y N. gonorrhoeae en 17,9 %. En hombres heterosexuales fueron C. trachomatis (A-K) en 37,5 %, N. gonorrhoeae en 21,5 % y VHS-2 en 18,7 %. En HSH fueron C. trachomatis (L1-L3) en 32,7 %, seguido de N. gonorrhoeae en 27,6 %, y de C. trachomatis (A-K) y VHS-2, ambos en 13,8 %. En 11 hombres heterosexuales, 8 HSH y en 6 mujeres, se identificó infección polimicrobiana. Conclusiones. C. trachomatis (A-K) fue el microorganismo más prevalente causante de ITS, seguido de N. gonorrhoeae en ambos grupos de hombres, y de VHS-2 en las mujeres, muy similar a lo reportado a nivel mundial. La prueba de PCR múltiple permite la detección de infecciones polimicrobianas comúnmente asociadas a ITS y el diagnóstico es preciso y confiable, incluso en pacientes asintomáticos

Sexually transmitted infections (STIs) are and will continue to be a serious public health problem throughout the world according to WHO data, with the aggravating factor that most cases are asymptomatic and, furthermore, there is no other reservoir other than humans. The diagnosis can be made with traditional and molecular tests, the latter include the polymerase chain reaction (PCR), of which there are several types, among them, multiplex PCR that has the capacity to detect polymicrobial STIs from a single sample. The objective of this study was to establish which were the most frequent sexually transmitted infections in different groups of patients, as well as to determine the usefulness of the multiplex PCR technique in the diagnosis of STIs. Methodology. This is an observational, cross-sectional study carried out between 2021 and 2022 with patients who attended the VID Clinical Laboratory for suspected STIs. The collected samples were evaluated using a commercial test based on the multiplex PCR technique and hybridization. The samples processed were: urine and swabs from endocervix, urethra, rectum, pharynx, and ulcers. Results. The study included 1,027 patients, of these, 228 (22.2%) were positive for different sexually transmitted agents, distributed as follows: 50 (21.9%) women, 129 (56.6%) heterosexual men and 49 (21.5%) men who had sex with men (MSM). The average age of the women was 30 years, and that of both groups of men was 36 years. The microorganisms most frequently identified in women were: C. trachomatis (A-K) in 28.6%, followed by herpes simplex virus type 2 (HSV-2) in 26.8% and N. gonorrhoeae in 17.9%. In heterosexual men they were C. trachomatis (A-K) in 37.5%, N. gonorrhoeae in 21.5% and HSV-2 in 18.7%. In MSM they were C. trachomatis (L1-L3) in 32.7%, followed by N. gonorrhoeae in 27.6%, and C. trachomatis (A-K) and HSV-2, both in 13.8%. Polymicrobial infection was identified in 11 heterosexual men, 8 MSM, and 6 women. Conclusions. C. trachomatis (A-K) was the most prevalent STI-causing microorganism, followed by N. gonorrhoeae in both groups of men, and HSV-2 in women, very similar to that reported worldwide. The multiplex PCR test allows the detection of polymicrobial infections commonly associated with STIs and the diagnosis is accurate and reliable, even in asymptomatic patients

La intensidad de la captación intraprostática del PSMA como predictor de cáncer de próstata clínicamente significativo / The intensity of PSMA intraprostatic uptake as a predictor of clinically significant prostate cancer

Resumen Introducción: La tomografía por emisión de positrones (PET) con antígeno de membrana específico de próstata (PSMA) mejora la estadificación del cáncer de próstata. Además, la intensidad de captación intraprostática del PSMA puede predecir resultados oncológicos clínicamente relevantes. Nuestro objetivo fue evaluar si la intensidad de captación de PSMA se asocia con el cáncer de próstata clínicamente significativo y poder conocer qué valor de captación de PSMA discrimina mejor esta relación. Métodos: Se realizó un estudio de cohorte de 40 pacientes con cáncer de próstata comprobado por biopsia previo a la realización de radioterapia externa. Se evaluó correlación entre intensidad de captación del PSMA intraprostático y los resulta dos patológicos adversos en la biopsia prostática. Se estudió qué valor de captación de PSMA discrimina mejor el cáncer de próstata clínicamente significativo utilizando curvas ROC. Resultados: El 40% de los pacientes tuvieron un cáncer de próstata clínicamente significativo, el maximum standardized uptake value (SUV max) tuvo una media de 11.5 (DE ± 7). La muestra arrojó un coeficiente de correlación Spearman de 0.4 (p = 0.007). El área bajo la curva (AUC) fue de 0.73, mostrando el punto de corte un SUV max ≥ 9.5, sensibilidad 0.81 y especificidad 0.71 en la detección de cáncer de próstata clínicamente significativo. Conclusión: la intensidad de captación del PSMA intraprostático puede ser una nueva herramienta diagnóstica en la detección del cáncer de próstata clínicamente significativo. Una intensidad de captación ≥ 9.5 tuvo una buena correlación con el cáncer de próstata clínicamente significativo.

Abstract Introduction: Positron emission tomography (PET) with prostate-specific membrane antigen (PSMA) improves prostate cancer staging. Furthermore, the intensity of intraprostatic uptake of PSMA can predict clinically relevant oncologic outcomes. The objective of this study is to evaluate whether the intensity of PSMA uptake is associated with clinically significant prostate cancer and to determine which value of PSMA uptake best dis criminates this relationship. Methods: A cohort study of 40 patients with biopsy-proven prostate cancer prior to external radiotherapy was conducted. The correlation between intraprostatic PSMA uptake intensity and adverse pathological findings in prostate biopsy was evaluated. Which PSMA uptake value better discriminates clinically significant prostate cancer was assessed using ROC curves. Results: Forty percent of the patients had a clinically significant prostate cancer and the maximum standardized uptake value (SUV max) had a mean of 11.5 (SD ± 7). The sample showed a Spearman correlation coefficient of 0.4 (p = 0.007). The area under the curve (AUC) was 0.73 and a SUV max ≥ 9.5 showed a sensitivity of 0.81 and a specificity of 0.71 in the detection of clinically significant prostate cancer. Conclusion: Intraprostatic PSMA uptake intensity can be a new diagnostic tool in the detection of clinically significant prostate cancer. An uptake intensity equal or greater than 9.5 is correlated with clinically significant prostate cancer.

Clinical and genetic study of developmental and epileptic encephalopathy in argentinean pediatric patients / Estudio clínico y genético de encefalopatía epiléptica y del desarrollo en pacientes pediátricos argentinos

Abstract Introduction: The aim of this study was to extend our knowledge of the genetic background of Argentinean pediatric patients with developmental and epileptic encephalopathy (DEE) applying a next generation sequencing (NGS) panel. Methods: Thirty one patients with DEE were studied, including these phenotypes: Dravet syndrome (n:7), Dravet like syndrome (n:3), West syndrome (WS) (n:6), WS that evolved to Lennox-Gastaut syndrome (LGS) (n:4), epilepsy of infancy with migrating focal seizures (n:2), continuous spikes and waves during slow sleep evolving to LGS (n:1), LGS (n:1), myoclonic status in non-progressive encephalopathy (n:1), myoclonic atonic epilepsy (n:1), epileptic encephalopathy with multifocal spikes (n:1) and unclassified epileptic encephalopathy (n:4). Fifty-two genes frequently associated with DEE were studied by NGS in genomic DNA from peripheral blood. Results: Relevant variants were detected in 12 cases; 6 novel pathogenic or likely pathogenic variants, 6 previously reported as pathogenic and 1 variant of unknown sig nificance. Single-nucleotide heterozygous variants were identified in the SCN1A (5), GABRG2 (1), STXBP1 (2) genes, a mosaic variant in SCN2A (1) and a homozygous variant in SCN1B (1). Additionally, a heterozygous deletion involving the SCN1A, SCN2A and SCN3A genes (1), and the most frequent triplet repeat expansion in the ARX gene (1) were detected. Discussion: Genetic diagnosis was made in 39% of patients. We emphasize the importance of considering mosaic variants, copy number variants and hereditary forms when designing and interpreting molecular studies, to optimize diagnosis and management of patients. Approximately 42% of the de tected variants were novel, expanding the knowledge of the molecular basis of DEEs in Latin-American patients.

Resumen Introducción: El objetivo del estudio fue ampliar el conocimiento de las bases moleculares de las encefalopatías epilépticas y del desarrollo (EED) en pacientes pediátricos argentinos aplicando un panel de secuenciación de nueva generación (NGS). Métodos: Se analizaron 31 pacientes con los fenotipos clínicos de síndrome de Dra vet (n:7), síndrome símil Dravet (n:3), síndrome de West (SW) (n:6), SW que evoluciona a síndrome de Lennox Gastaut (SLG)(N:4), epilepsia de la infancia con crisis focales migratorias (n:2), actividad de punta onda continua durante el sueño que evolucionan a SLG (n:1), SLG (n:1), encefalopatía no progresiva con estatus mioclónico (n:1), epilepsia mioclónica atónica (n:1), encefalopatía epiléptica con espigas multifocales (n:1) y encefalopatía epiléptica indeterminada (n:4). Se estudiaron los 52 genes más frecuentemente asociados a EED a través de NGS, en ADN extraído de sangre periférica. Resultados: Se identificaron variantes relevantes en 12 casos, de las cuales 5 fueron nuevas y 6 previamente reportadas como patogénicas o posiblemente patogénicas, mien tras que una variante fue clasificada como de significado incierto. Variantes heterocigotas, de nucleótido único, se identificaron en los genes SCN1A (5), GABRG2 (1), STXBP1 (2), una variante en mosaico en SCN2A (1) y otra homocigota en SCN1B (1). Además, se detectó una deleción que involucra a los genes SCN1A, SCN2A y SCN3A (1) y la expansión de repeticiones de tripletes más frecuente en el gen ARX (1). Discusión: Se alcanzó el diagnóstico molecular en el 39% de los pacientes. Remarcamos la importancia de considerar variantes en mosaico, variantes en el número de copias y formas heredadas al momento de diseñar e interpretar los estudios moleculares, de tal forma de optimizar el diagnóstico y seguimiento de los pacientes con EED. Cabe destacar, que el 42% de las variantes detectadas fueron nuevas, ampliando nuestro conocimiento sobre las bases mole culares de las EED en población latino americana.

Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2 / Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introduction: Since the first report in Wuhan (China) in 2019, the SARS-CoV-2 virus has spread throughout the world, with a significant impact in public health. To contain its transmission, the WHO has encouraged the development of rapid, simple, sensitive and specific tests that complement qRT-PCR, as the gold standard. RT-LAMP has shown to be a good alternative to detect SARS-CoV-2 in different fluid samples. Objective: To validate the colorimetric RT-LAMP technique using two sets of primers targeting N gene of SARS-CoV-2 in 117 nasopharyngeal swab samples previously confirmed by RT-qPCR, using the Charité/Berlin protocol. Material and methods: A total of 153 nasopharyngeal swab samples from individuals with suspected COVID-19 were subjected to qRT-PCR and RT-LAMP using a commercial colorimetric kit (NEB, Germany). RT-LAMP was performed using both extracted RNA samples and raw samples without prior RNA extraction, and the result was assessed by a simple color change in the reaction. Results: Sensitivity and specificity for the previously reported RT-LAMP primers (Broughton set) targeting N gene of SARS-CoV-2 were 0.97 (0.85-1.00) and 0.81 (0.65-0.92) respectively, with CI95%. The Lalli primers targeting another region of the N gene used showed a sensitivity value of 0.96 (0.78-1.00) and a specificity of 0.77 (0.55-0.92). Without RNA extraction we found a sensitivity value of 0.95 (0.74, 1.00) and a specificity of 0.88 (0.64, 0.99). A sensitivity value of 0.95 (0.74-1.00) and a specificity 0.88 (0.64-0.99) were found without prior RNA extraction. Conclusion: Taking together, the results showed that RT-LAMP technique could be considered as a rapid diagnostic test, easy to perform, free of sophisticated equipment, sensitive and specific to diagnose SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs with and without prior RNA extraction, allowing its implementation in places with scarce resources.

Comparison of two isothermal methods for SARS-COV-2 screening in Callao, Peru

Objective: To compare the isothermal molecular screening techniques CPA and RT-LAMP, against the gold standard test, reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR), and to determine its agreement. Materials and Methods: Paired comparative case-control study. For the evaluation of the CPA method, 70 cases and 130 controls were used, while for RT-LAMP, 30 cases and 70 controls were used. The sensitivity and specificity of both tests were calculated. Subsequently, the bias-corrected Kappa index was calculated by resampling. Results: Both techniques have adequate and equivalent values of sensitivity (RT-LAMP: 82.8%, CPA: 83%) and specificity (RT-LAMP and CPA: 91.5%), as well as a high concordance (88%), and Kappa-index (0.72). Conclusion: Both isothermal molecular screening techniques are suitable for SARS-CoV-2 screening, with a similar sensitivity and specificity.

Objetivo : Comparar las técnicas de cribado molecular isotérmico CPA y RT-LAMP, frente a la prueba de referencia, la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa de transcripción inversa (RT-qPCR), y determinar su concordancia. Materiales y métodos : Estudio comparativo de casos y controles emparejados. Para la evaluación del método CPA se utilizaron 70 casos y 130 controles, mientras que para la RT-LAMP se utilizaron 30 casos y 70 controles. Se calcularon la sensibilidad y la especificidad de ambas pruebas. Posteriormente, se calculó el índice Kappa corregido por sesgo mediante un nuevo muestreo. Resultados: Ambas técnicas presentan valores adecuados y equivalentes de sensibilidad (RT-LAMP: 82,8 %, CPA: 83 %) y especificidad (RT-LAMP y CPA: 91,5 %), así como una alta concordancia (88 %), y un índice Kappa (0,72). Conclusiones: Ambas técnicas de cribado molecular isotérmico son adecuadas para el cribado del SARS-CoV-2, con una sensibilidad y especificidad similares.

Amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis purificado de hisopados nasofaríngeos por un método de bajo costo, rápido (60-segundos) y libre de equipos / Direct amplification of Bordetella pertussis DNA purified from nasopharyngeal swabs by a low-cost, fast (60-second), and equipment-free method

RESUMEN Objetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lavado, número de discos y elución de ADN). El método se acopló a una amplificación directa por PCR en tiempo real (qPCR) y se estimó el rendimiento utilizando hisopados nasofaríngeos que fueron positivos (n=100) y negativos (n=50) para ADN B. pertussis por qPCR, comparado con el método basado en columnas de sílice. Se calculó el grado de concordancia, sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se evaluó la factibilidad del método rápido para ser acoplado a un ensayo colorimétrico de amplificación isotérmica mediada por lazo (LAMP). Resultados. El método rápido con un disco de celulosa y buffer de lisis y lavado conteniendo PVP-40 y Tween 20, respectivamente, mostró una mayor capacidad para purificar ADN amplificable de B. pertussis. El método tuvo una sensibilidad de 89,0% (IC95%, 80,2%-94,9%) y una especificidad de 98,5% (IC95%, 92,1%-100,0%), con un buen grado de concordancia (Kappa=0,867; IC95% 0,788 - 0,946), respecto al método referencial. Los VPP y VPN fueron 98,6% (IC95%, 92,7,2%-100,0%) y 88,2% (IC95%, 78,7%-94,4%), respectivamente. Se evidenció una amplificación exitosa por LAMP, y se obtuvieron resultados comparables con el método por columnas de sílice. Conclusión. El método desarrollado es simple, de bajo costo y libre de equipos para la obtención rápida (60 segundos) de ADN en el punto de atención, y puede ser implementado en diversas técnicas moleculares orientados al diagnóstico oportuno y al estudio epidemiológico de tos ferina.

ABSTRACT Objective. To develop and evaluate a low-cost cellulose-based method for rapid purification and direct amplification of Bordetella pertussis DNA from nasopharyngeal swabs. Materials and methods. We prepared cellulose discs and evaluated different parameters (lysis/wash buffers, number of discs and DNA elution). The method was coupled to a direct real-time PCR (qPCR) amplification and the performance was estimated using nasopharyngeal swabs that were positive (n=100) and negative (n=50) for B. pertussis DNA by qPCR, compared to the silica column-based method. We calculated sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) and the degree of agreement. The feasibility of the rapid method to be coupled to a loop-mediated isothermal amplification colorimetric assay (LAMP) was evaluated. Results. The rapid method, with a cellulose disk and lysis and wash buffer containing PVP-40 and Tween 20, respectively, showed a greater capacity to purify amplifiable DNA from B. pertussis. The method had a sensitivity of 89.0% (95%CI: 80.2%-94.9%) and a specificity of 98.5% (95%CI: 92.1%-100.0%), with a good degree of agreement (Kappa=0.867; 95%CI: 0.788 - 0.946), compared to the reference method. The PPV and NPV were 98.6% (95%CI: 92.7.2%-100.0%) and 88.2% (95%CI: 78.7%-94.4%), respectively. Successful amplification by LAMP was evident, and comparable results were obtained with the silica column method. Conclusion. The developed method is simple, low-cost and equipment-free for rapid (60 seconds) DNA collection at the point of care, and can be implemented in various molecular techniques aimed at the timely diagnosis and epidemiological study of pertussis.

Algoritmo para el diagnóstico integrado de los gliomas 2021. Nuestra experiencia / Algorithm for the integrated diagnosis of gliomas 2021. Our experience

Resumen La aplicación de las diferentes técnicas moleculares para el diagnóstico de los gliomas según la clasificación de la OMS, sigue sin estar al alcance de todos en nuestro país. Nuestro objetivo fue describir el protocolo diagnóstico desarrollado en función de los recursos disponibles, conforme con la clasificación vigente (2021). También, describir el perfil epidemiológico de los gliomas diagnosticados entre 2018-2021 en el Instituto Roffo y contrastarlo con la literatura. Se evaluó la mutación en IDH1-R132H, ATRX, el estado del 1p19q, CDKN2A, EGFR y del p53. Se incluyeron 94 pacientes, 53.2% fueron masculinos, con una edad promedio de 50.9 años. El diagnóstico más frecuente fue el de GB IDH1-no mutado (63.8%). Considerando únicamente a los gliomas grado 2 y 3, el astrocitoma difuso IDH1-Mutado/ATRX-Mutado/p53-sobreexpresado, grado 2 (11.7%) fue el más frecuente. En cuanto a su localización, el 67% de los tumores se ubicaron en el telencéfalo neocortical: 24.5% del total en el lóbulo frontal. En el 95.7% de los casos se arribó a un diagnóstico integrado concluyente siguiendo el algoritmo propuesto. Las características epidemiológicas coinciden con lo publicado en la literatura. La biología molecular nos permitió diferenciar nítidamente enfermedades que suponíamos emparentadas desde un punto de vista histológico, pero que observando su historia natural, su genética y su respuesta a tratamientos instaurados eran tumores distintos, aunque todos fueran llamados "gliomas". Los estándares internacionales no conciben su diagnóstico sin la biología molecular. No es aceptable que se siga diagnosticando únicamente con estándares histológicos. El algoritmo propuesto podría ser una alternativa viable y confiable.

Abstract The utilization of the different molecular techniques for the diagnosis of gliomas according to the WHO classification is still not available to everyone in our country. Our objective was to describe the diagnostic algorithm devel oped based on available resources, in accordance with the current classification (2021). Also, to describe the epidemiological profile of gliomas diagnosed between 2018-2021 at the Roffo Institute and compare it with the international literature. IDH1-R132H and ATRX mutation, as well as 1p19q status, CDKN2A, EGFR, and p53 were evaluated. 94 patients were included, 53.2% were male, with a mean age of 50.9 years. The most frequent diagnosis was GB IDH1-wild type (63.8%). Considering only grade 2 and 3 gliomas, diffuse astrocytoma IDH1- Mutated / ATRX-Mutated / p53-overexpressed, grade 2 (11.7%) was the most frequent diagnosis. Regarding their location, 67% of the tumors were located in the neocortical telencephalon: 24.5% of the total in the frontal lobe. In 95.7% of cases, a conclusive integrated diagnosis was reached following the proposed algorithm. The epidemiological characteristics coincide with what has been published in the literature. Molecular biology allowed us to clearly differentiate pathologies that we assumed were related from a histological point of view, but which, observing their natural history, their genetics and their response to established treatments were different tumors, although they were all called "gliomas". International standards do not conceive CNS tumor diagnosis without molecular biology. It is not acceptable to continue to diagnose only with histological standards. The proposed algorithm could be a viable and reliable alternative.

Contribución de la Facultad de Biología de la Universidad de La Habana en el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en el IPK / Contribution of the School of Biology of the University of Havana in the molecular diagnosis of SARS-CoV-2 at IPK

RESUMEN A finales del año 2019 el mundo conoció de la existencia y propagación de un nuevo coronavirus denominado SARS-CoV-2, capaz de provocar la enfermedad COVID-19. Las autoridades gubernamentales y de salud cubanas trazaron desde el principio estrategias de control epidemiológico, y fue el diagnóstico molecular por PCR en tiempo real una tarea de suma importancia para el control de la enfermedad en nuestro país. Un gran número de jóvenes profesionales y estudiantes de la Facultad de Biología de la Universidad de La Habana se sumaron a esta tarea. El presente trabajo aborda las principales actividades desarrolladas por estos últimos durante el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en el Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí (IPK) en los primeros meses de la pandemia en nuestro país. El ejercicio de la profesión a partir de la puesta en práctica de habilidades y conocimientos teórico-prácticos, la adquisición de nuevos conocimientos, así como el fomento de valores éticos y morales como la solidaridad, el compañerismo y el trabajo mancomunado en colectivo, caracterizaron esta experiencia llena de desafíos y logros.

ABSTRACT At the end of 2019, the existence and spread of a novel coronavirus called SARS-CoV-2, responsible of the disease COVID-19 was known worldwide. From the beginning, the Cuban governmental and health authorities drawn up epidemiological control strategies, in which the molecular diagnosis by real-time PCR was of paramount importance for the control of the disease in our country. A large number of young professionals and students from the School of Biology of the University of Havana joined this task. This paper deals with the main activities performed by the students related to the molecular diagnosis of SARS-CoV-2 at the "Pedro Kourí" Institute of Tropical Medicine (IPK) in the first months of the pandemic in our country. The exercise of the profession in the implementation of the skills, and theoretical and practical knowledge; the acquisition of new knowledge; and the promotion of ethical and moral values such as solidarity, companionship, and joint work characterized this experience full of challenges and achievements.

Diagnóstico molecular indirecto en estudio de familias con hemofilia en Pinar del Río / Indirect molecular diagnosis in a study of families with hemophilia in Pinar del Río

RESUMEN Introducción: la hemofilia es una enfermedad hereditaria que se transmite con un patrón recesivo ligado al cromosoma X. Su expresión clínica está dada por el déficit o la ausencia de actividad de factores de la coagulación (factor VIII para la Hemofilia A y factor IX para la Hemofilia B) Se caracteriza por una marcada heterogeneidad genética, lo que hace complejo su diagnóstico por métodos moleculares directos. En Cuba, se dispone de estudios indirectos por técnica de ligamiento para la caracterización de familias que conviven con hemofilia. Objetivo: describir los resultados de estudios moleculares indirectos en familias con antecedentes de hemofilia en Pinar del Río. Métodos: se realizó una investigación observacional, descriptiva y transversal en el universo de nueve familias que agrupan 10 pacientes en edad pediátrica con diagnóstico de hemofilia en Pinar del Río. La muestra se conformó con cinco familias, cuatro con hemofilia A y una con hemofilia B, a las que se realizó estudio molecular indirecto para diagnóstico de portadoras y diagnóstico prenatal. Resultados: las cinco familias resultaron informativas para los marcadores disponibles. Se identificaron nueve mujeres portadoras y se realizó diagnóstico prenatal de cuatro fetos, de ellos dos enfermos, uno sano y el otro pendiente de resultado. El marcador St14 resultó el más informativo para hemofilia A. Conclusiones: la posibilidad de estudio molecular indirecto contribuye al diagnóstico, asesoramiento y manejo del riesgo de recurrencia de la hemofilia en cada genealogía de manera particular y se presenta como alternativa útil, aunque elemental, para la caracterización genotípica de las familias afectadas.

ABSTRACT Introduction: hemophilia is a hereditary disease transmitted with an X-linked recessive pattern. Its clinical expression is given by the deficit or absence of coagulation factor activity (factor VIII for Hemophilia A and factor IX for Hemophilia B). It is characterized by a marked genetic heterogeneity, which makes its diagnosis by direct molecular methods complex. In Cuba, indirect studies by linkage technique are available for the characterization of families living with hemophilia. Objective: to describe the results of indirect molecular studies in families with a history of hemophilia in Pinar del Río. Methods: an observational, descriptive and transversal research was carried out in the universe of nine families grouping 10 pediatric patients with a diagnosis of hemophilia in Pinar del Río. The sample consisted of five families, four with hemophilia A and one with hemophilia B, which underwent an indirect molecular study for the diagnosis of carriers and prenatal diagnosis. Results: the five families were informative for the available markers. Nine carrier women were identified and prenatal diagnosis was performed in four fetuses, two of which were diseased, one healthy and the other pending results. The St14 marker proved to be the most informative for hemophilia A. Conclusions: the possibility of indirect molecular study contributes to the diagnosis, counseling and management of the risk of recurrence of hemophilia in each genealogy in a particular way and is presented as a useful, although elementary, alternative for the genotypic characterization of affected families.

Evaluación clínica de un nuevo método molecular para la detección de microorganismos multirresistentes / Clinical evaluation of a new molecular method for the detection of multidrug-resistant microorganisms

Introducción: El objetivo fue realizar la validación clínica del sistema molecular AMR Direct Flow Chip® para la detección de genes de resistencia a antimicrobianos partiendo de aislados bacterianos en cultivo, así como de hisopos de muestras nasales o rectales. Métodos: El ensayo AMR es una PCR multiplex seguida de hibridación reversa tipo dot blot en arrays de ADN completamente automatizada mediante la plataforma HS24, con un tiempo de realización de 3h. Se realizó la validación preclínica con 104 cepas bacterianas caracterizadas y posteriormente se analizaron 210 muestras de hisopos nasales o rectales. Resultados: La sensibilidad y la especificidad del ensayo preclínico fueron del 100%, identificando correctamente las 104 cepas. En la validación clínica, la sensibilidad fue del 100% y la especificidad fue del 100% en muestras rectales y del 97% en hisopos nasales. Conclusiones: El sistema AMR Direct Flow Chip® es un sistema rápido y eficaz para la detección de microorganismos multirresistentes a partir de muestras rectales y nasales.(AU)

Introduction The main objective of this work is to carry out the clinical validation of the trial with the AMR Direct Flow Chip® starting from either nasal swabs, rectal swabs directly or from isolated strains to detect antibiotic resistance genes. Methods: We developed the preclinical validation of the assay with 104 known bacterial isolates. A total of 210 nasal or rectal swab samples were analyzed. The AMR assay is based on multiplex PCR followed by reverse dot blot hybridization on DNA arrays fully automated by using the HS24 platform. The completion time of the full analysis is 3 hours. Results :Both the sensitivity and specificity of the preclinical assay were 100%, with the 104 samples correctly identified. In the clinical validation, the sensitivity was 100% and the specificity was between 100% in rectal swabs and 97% in nasal swabs. Conclusions: The AMR Direct Flow Chip® is a rapid and effective assay for the detection of multidrug-resistant microorganisms from nasal and rectal swab samples.(AU)

Estudios genético-moleculares de miotonías hereditarias en la población costarricense / Molecular-genetic studies of inherited myotonic conditions in Costa Rica

Resumen Introducción: las miotonías hereditarias son enfermedades del músculo esquelético, clínica y genéticamente heterogéneas, caracterizadas por presentar miotonía (retraso en la relajación muscular). Se dividen en distróficas y no distróficas, las cuales son causadas por mutaciones en el ADN. Objetivo: describir los hallazgos más relevantes sobre algunas miotonías hereditarias en Costa Rica. Metodología: se realizaron estudios genético-moleculares en individuos afectados con una condición miotónica y sus familiares en riesgo genético. Resultados: la mutación de la distrofia miotónica tipo 1 (DM1) se encontró en 246 individuos. Nuestros estudios contribuyeron a mejorar la correlación entre el tamaño de la mutación y la edad de inicio de los síntomas, además, se demostró el papel modificador de algunos otros factores genéticos en la DM1. De las familias de 18 pacientes negativos para la mutación DM1, en ocho se logró identificar una mutación en genes que proporcionan la información para formar canales iónicos. Los análisis de función ayudaron a mostrar que esas mutaciones ocasionan cambios estructurales y estos modifican las propiedades de los canales, provocando una pérdida o ganancia de su función. Conclusiones: este trabajo permitió la clasificación clínica correcta de muchos pacientes, así como explorar las bases genéticas y moleculares de la variabilidad clínica de estas enfermedades, mediante la búsqueda de factores modificadores de la DM1 y los estudios funcionales de mutaciones causantes de canalopatías hereditarias, aspecto clave para asesorar a pacientes y familias y abordar la enfermedad de la forma más adecuada.

Abstract Introduction: Hereditary myotonias are a clinically and genetically heterogeneous group of skeletal muscle diseases characterized by myotonia (delayed muscle relaxation). Clinically, they are classified as dystrophic and non-dystrophic myotonias, which are caused by mutations in the DNA. Aim: Describe the most relevant findings on some hereditary myotonias in Costa Rica. Methodology: Genetic-molecular studies of these diseases were carried out in individuals affected with a myotonic condition and their relatives at genetic risk. Results: The mutation for myotonic dystrophy type 1 (DM1) was found in 246 individuals. We have seen an improvement in the correlations between the size of the mutation and the age of onset of symptoms, in addition we have demonstrated the modifying role of some genetic factors in DM1. Of 18 patients who were negative for the mutation causing DM1, in eight families, a mutation was identified in genes, that provide the instructions for producing proteins called ion channels. Analyzes at the functional level helped to show that these mutations cause structural changes that modify the properties of these channels, causing a loss or gain of channel function. Conclusions: Our studies have allowed a correct clinical classification for many patients with these pathologies, in addition to explore the genetic and molecular basis of the clinical variability of these diseases, by searching for DM1 modifying factors and functional studies of new mutations that cause hereditary channelopathies, which is key to provide genetic counseling to patients and families and treating the disease in the most appropriate way.

Clinical evaluation of a new molecular method for the detection of multidrug-resistant microorganisms.

INTRODUCTION: The main objective of this work is to carry out the clinical validation of the trial with the AMR Direct Flow Chip starting from either nasal swabs, rectal swabs directly or from isolated strains to detect antibiotic resistance genes. METHODS: We developed the preclinical validation of the assay with 104 known bacterial isolates. A total of 210 nasal or rectal swab samples were analyzed. The AMR assay is based on multiplex PCR followed by reverse dot blot hybridization on DNA arrays fully automated by using the HS24 platform. RESULTS: Both the sensitivity and specificity of the preclinical assay were 100%, with the 104 samples correctly identified. In the clinical validation, the sensitivity was 100% and the specificity was between 100% in nasal swabs and 97% in rectal swabs. CONCLUSIONS: The AMR Direct Flow Chip® is a rapid and effective assay for the detection of multidrug-resistant microorganisms (MDR) from nasal and rectal swab samples.